Respuestas:
Lo siguiente ejecutará el script el 1 de enero, abril, julio y octubre a las 03:30
30 03 01 Jan,Apr,Jul,Oct * /path/to/script
Alternativamente, pero menos obvio
30 03 01 */3 * /path/to/script
Se ejecutará cada tres meses a las 03:30 el 1 de enero, abril, julio y octubre.
*/3
sería cada cuatro meses (12/3 = 4)?
Wikipedia tiene una buena explicación sobre cómo configurar Cron.
Para su caso específico, puede ejecutar una Cron Expression para que se ejecute cada 3 meses, obviamente, cambie los meses para adaptarlos a su horario.
0 0 1 JAN,APR,JUL,OCT * /path/to/script.bash