Si la configuración del tráfico no configura el tráfico correctamente para las cargas activas y de shell (creo que puede, pero no estoy seguro), entonces podría:
a) ejecute ssh en dos puertos: puede priorizar uno para transferencias de archivos y otro para trabajo interactivo.
b) limite las velocidades ssh totales: el único problema es si llena la capacidad de carga del enlace y ssh funcionará de manera interactiva si limita la velocidad a algo así como 50 kbps (esto obligará a los usuarios a usar algún otro protocolo para transferencias de archivos más grandes) )
c) priorice el tráfico en la dirección de origen si puede
Además, la configuración del tráfico debería hacer que el tráfico sea más equilibrado, independientemente de que la conexión única no monopolice todo el enlace.
EDITAR: Aquí hay un ejemplo que usa un script bash. Menciona que ssh de hecho establece TOS en interactivo a interactivo, por lo que supongo que Wondershaper se aprovecha de eso.
Si quieres otras opciones además de Wondershaper, asegúrate de echar un vistazo a wallwall o pyshape .
Shorewall es bastante maduro y tiene un buen equilibrio de flexibilidad, potencia y simplicidad.