Respuestas:
Debería poder usar setup.exe
sin la GUI:
setup.exe -q -n -N -d -R c:\cygwin -s http://yourFavoriteMirror \
-l c:\localPackageDir -P <comma-separated list of packages to install>
Esto es de la lista de correo de cygwin (y publicación de seguimiento)
Esta pregunta ya se hizo aquí . Responder:
wget http://apt-cyg.googlecode.com/svn/trunk/apt-cyg
chmod +x apt-cyg
mv apt-cyg /usr/local/bin/
apt-cyg install bc