Encontré una página VS en ambos, aquí hay un pequeño recorte:
"Estabilidad
A partir de agosto de 2009, lighttpd todavía tiene problemas de pérdidas de memoria sin resolver reportados hace 3 años. Un problema con Lighty es que pierde memoria como un tamiz. Lo audité un poco y me di por vencido, es un desastre. Me mantendría alejado de eso, rápidamente arruinará tu día si le arrojas mucho tráfico ".
Fuente: http://www.wikivs.com/wiki/Lighttpd_vs_nginx
Honestamente, no he usado nginx, así que no puedo hablar por experiencia. Principalmente usé apache en mi servidor web, pero tengo uno en casa que usa lighttpd. Solo sirve una pequeña página solo html y solo es accesible por VPN, por lo que es más un portal de información cuando alguien está remoto.
La próxima vez que baje la cabeza y empiece a experimentar con aplicaciones del servidor nuevas y actualizadas, probablemente jugaré con nginx. Al final del día, es su elección, pero dependiendo de si va a ser para un entorno de producción, investigaría ambos antes de comprometerme con ninguno.