Solo para agregar un poco al consenso de que EBS es más rápido ...
Un punto importante a entender aquí es que la velocidad de almacenamiento de la instancia es impredecible : Amazon no ofrece garantías al respecto.
Esta información proviene del libro Cloud Application Architectures de George Reese (que parece bastante bueno por lo que he leído hasta ahora). Incluye una tabla titulada Comparación de las opciones de almacenamiento de datos EC2 (p. 41); Aquí hay un fragmento de esa tabla (en el libro hay varias otras características comparadas):
S3 Instance EBS
Speed Low Unpredictable High
Reliability Medium High High
Durability Super high Super low High
Por lo tanto, el almacenamiento de instancias puede superar a EBS en el acceso de lectura a veces, pero si desea una alta velocidad constante , de hecho debe ir con EBS. Como Reese lo pone en su libro:
Otro problema es la imprevisibilidad del rendimiento en el almacenamiento de la instancia. En realidad, podría pensar que debería ser más rápido que las otras opciones, y a veces lo es. A veces, sin embargo, es increíblemente lento, más lento que un montaje NFS sobre una conexión Ethernet de 10bT. EBS, por otro lado, le brinda constantemente el rendimiento de una SAN a través de una conexión Ethernet GB.