El modo de transferencia "Binario" de FTP copia archivos exactamente, byte por byte. Simple y directo.
Sin embargo, cuando trae archivos de texto entre diferentes sistemas operativos, esto puede no ser lo que desea: los diferentes sistemas operativos usan diferentes códigos para representar saltos de línea. El modo "ASCII" existe para este propósito: traduce automáticamente todas las terminaciones de línea del formato del sistema de origen al destino.
No estoy seguro acerca de "Auto", pero imagino que parece que la extensión del archivo o algo similar para decidir si se trata de un archivo de texto, e intenta adivinar el modo apropiado.
El modo que desee depende exactamente de lo que esté haciendo con los archivos ... si solo los está copiando para hacer una copia de seguridad, entonces probablemente quiera copiar en modo binario para que sean exactamente iguales cuando luego los restaura al servidor de Windows nuevamente. Si necesitan ser utilizables como archivos de texto (¿tal vez como archivos de configuración para un programa multiplataforma?) En ambos lados, querrá usar el modo ASCII para traducirlos.
EDITAR: Por lo que puedo decir, los archivos FTP de Windows a Linux nunca deberían provocar la desaparición de los saltos de línea ... sin embargo , si los copia en modo ASCII y luego los devuelve al servidor de Windows en modo binario, Linux Es posible que las terminaciones de línea de estilo no se reconozcan en el cuadro de Windows. (El Bloc de notas no los verá; Wordpad sí; YMMV con otro software).
(Hoy en día, tal conveniencia, convertir terminaciones de línea automáticamente, puede parecer extraño en un protocolo tan básico como FTP. Sin embargo, cuando se inventó FTP, el envío de archivos de texto era la norma, y uno de los objetivos del protocolo era hacer que esto lo más fácil posible)