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La diferencia entre Xen y Virtualbox es su uso o aplicación. Virtualbox está destinado a ser utilizado como una capa de virtualización de escritorio. Entonces, Virtualbox espera que tenga un sistema operativo (Windows, Mac, Linux) ya instalado. En otras palabras, Virtualbox puede agregar virtualización a un sistema operativo host de escritorio.
Xen es todo lo contrario. Puede considerarse como el sistema operativo host, aunque no lo usaría como un entorno de escritorio. En términos de rendimiento, Xen probablemente superará a VirtualBox, ya que es un hipervisor "básico" ya que el sistema operativo host para Xen está más ajustado para tareas de virtualización que para tareas de escritorio.
A menos que haya leído mal el sitio web de Xen, ese producto es una capa de virtualización "básica", mientras que Virtualbox se encuentra encima de un sistema operativo. Como tal, no se puede esperar que Virtualbox funcione tan bien como Xen.