Sí, depende del uso y del sistema de almacenamiento subyacente. Algunos sistemas, como los arreglos de discos basados en SAN de gama alta, se ríen de la fragmentación de archivos, lo que hace que el único impacto del sistema en la fragmentación sea la sobrecarga del sistema operativo al dispersar las cosas por aquí y por allá. Otros sistemas, como las computadoras portátiles, las unidades son otra historia en conjunto. Y eso no entra en los sistemas de archivos más nuevos, como ZFS, donde el concepto de un límite estricto al espacio es nebuloso en el mejor de los casos.
NTFS es su propia bestia, por supuesto. En estos días le doy a C: \ un tamaño total de 15GB para sistemas XP, y no he jugado con Vista / Win7 lo suficiente como para saber qué recomendar allí. Realmente no quieres obtener mucho menos de un GB gratis en C :. El uso de Shadow Copies significa que debe mantener más espacio 'vacío' de lo que lo haría de otra manera, y yo diría que el 20% de espacio libre es el marcador de cuándo debe agregarse más o si debe realizarse una limpieza.
Para los volúmenes de datos NTFS antiguos y simples, me preocupa cuando llega a menos del 15%. Sin embargo, si la unidad es una unidad de 1TB, el 15% sigue siendo MUCHO espacio para trabajar y asignar nuevos archivos (lo contrario es que lleva más tiempo desfragmentar).