Lugares para publicar artículos que enfatizan el software

El software es una parte fundamental de la ciencia computacional y se reconoce cada vez más como una parte esencial del registro científico. Dado el valor de usar código existente y bien probado, parece que vale la pena comunicar la existencia de códigos útiles lo más ampliamente posible y acreditar a sus creadores. En un entorno académico, esto significa publicar algunos artículos que se centran principalmente en el software.

¿Dónde se pueden publicar trabajos académicos cuyo enfoque principal es el software computacional? Para ser completamente claro, me refiero a trabajos que pueden no incluir nuevas matemáticas, algoritmos, etc., están realmente enfocados en el software.

También me interesaría saber de quienes han enviado dichos documentos a estas revistas, cómo fue la experiencia y qué lugares recomiendan.

Resumen de las respuestas dadas:

• Transacciones en software matemático
• Programación científica
• Sección del software SIAM Journal on Scientific Computing (SISC)
• El archivo del software numérico
• Computación de investigación abierta
• Comunicaciones de Física Informática
• Avances en software de ingeniería
• Revista de software estadístico
• Revista de teoría química y computación
• Código fuente de biología y medicina
• Más uno
• Revista Internacional de Química Cuántica
• Epidemiología
• Computación en Ciencia e Ingeniería
• Revista de Química Computacional
• Desarrollo de modelo geocientífico
• Journal of Machine Learning Research
• Programación Matemática Computación
• Revista de software de código abierto
• SoftwareX

Hay algunas otras revistas específicas de aplicaciones para enumerar: como Journal of Computational Physics o Computer Physics Communications , que aceptan artículos tanto sobre algoritmos como sobre el software utilizado para implementarlos. Si estás en el campo de la química, Journal of Chemical Theory and Computation podría ser otra revista a tener en cuenta. Todo esto permite que se publiquen paquetes. He visto códigos que he usado discutidos en ellos. Las computadoras y la ingeniería química sí permiten los documentos de implementación de software, pero deben hacer algo original: no puede ser un documento de "avance incremental".

Los avances en el software de ingeniería son buenos y las aplicaciones varían bastante.

El Journal of Statistical Software es otro que se centra en el software, pero es específico de la aplicación. Mucha R en este.

Debo agregar que nunca he publicado en ninguno de estos, por lo que no puedo hablar de esa experiencia, pero sí los sigo y encuentro que los artículos son de buena calidad.

He publicado un par de artículos de software. Uno estaba en el Código Fuente de BMC en Biología y Medicina - El proyecto de Inmunología de Sistemas Multiescala: software para simulación inmunológica basada en células y PLoS ONE - SNPpy - Gestión de Base de Datos para Datos SNP de Genome Wide Association Studies .

Estos son dos proyectos muy diferentes. El primero es un sistema basado en agentes de simulación escrito para modelar sistemas de inmunología, por lo que pertenece a la biología computacional. Este último es un sistema basado en una base de datos para gestionar datos SNP en un contexto GWAS, por lo que pertenece a la bioinformática.

En cuanto a la experiencia editorial, el tiempo de espera fue bajo en comparación con los documentos matemáticos, lo cual fue bueno. Los revisores no me hicieron pasar un mal rato, lo que también fue bueno. Por el lado de las desventajas, la publicación de un documento de software consume muchísimo tiempo. Tiene un documento más una base de código para tratar, sin mencionar la documentación del usuario.

Una cosa que me pareció inquietante fue que vi poca evidencia de que los revisores realmente habían hecho un esfuerzo para ejecutar el software y cero evidencia de que habían entendido el diseño del código o incluso miraron el código. Ambas revistas anteriores tenían dos informes de revisión cada uno. En el caso anterior (BMC), un revisor indicó que había intentado instalar / ejecutar el software y falló (un problema que abordamos), pero de las cuatro revisiones, esa fue la única que mencionó específicamente algo sobre el software real. La mayoría de los comentarios fueron más generales, sobre cuestiones científicas y puntos de abordaje que había hecho en el documento. En general, tuve la sensación de que los revisores en su mayoría acababan de leer el periódico. En un mundo ideal, un revisor también estaría interesado en el diseño del software y los detalles del código, incluidos problemas como el rendimiento, las dependencias, la portabilidad, extensibilidad y pruebas. Los revisores de SNPpy sí preguntaron sobre portabilidad y extensibilidad. como había afirmado en el documento que el software era tanto portátil como extensible, pero no creo que realmente miraran el código. Para ser justos, tener una idea de lo que se trata una base de código no trivial es un trabajo duro, y quizás más de lo que razonablemente se puede esperar de un revisor no remunerado.

Usé LaTeX para estos dos documentos. En el caso de PLoS, esto implicaba mucho saltar a través de aros para hacer que el manuscrito se viera como ellos querían, ya que en realidad no usan LaTeX y estaban ejecutando algún programa de conversión. PLoS hizo un desastre al convertir mis figuras, que se hicieron usando TikZ, y fueron muy agradables, pero no lo sabrías mirando su versión. También vale la pena señalar que PLoS no proporciona pruebas de manuscritos.

El Journal of Computational Chemistry (Sección de artículos especiales) y el International Journal of Quantum Chemistry informan sobre software y algoritmos.

Dos de los que aún no he visto en esta lista, que pueden ser de interés para alguien además de mí en algún momento, es el American Journal of Epidemiology and Epidemiology .

Si ha escrito un software inteligente para lograr algo que a los epidemiólogos les interesa, es muy posible que lo publiquen. He visto al menos artículos recientes sobre macros SAS para realizar análisis estadísticos algo más sofisticados, un programa que realiza una regresión de punto de unión, y uno que hace algunas cosas específicas de campo con gráficos acíclicos dirigidos.

Resulta que una de las publicaciones mencionadas estaba en Epidemiología : http://journals.lww.com/epidem/Fulltext/2011/09000/DAGitty__A_Graphical_Tool_for_Analyzing_Causal.22.aspx

Ninguna de las revistas sospecho que dicen que están buscando artículos sobre software, ya que son revistas específicas de campo en una disciplina que no es software, pero el análisis que incluye software no es infrecuente, y el enlace es un ejemplo de Artículo centrado completamente en un producto de software.

AJE:

Los artículos que tratan sobre la aplicación práctica de métodos epidemiológicos o estadísticos (como la implementación de técnicas estadísticas o la evaluación de estrategias de entrevista) se publican en una sección titulada Practice of Epidemiology.

Epidemiología: el artículo anterior se publicó como una carta. También aceptan revisiones de software, si tiene un colega amigable o alguien en el campo que pueda estar interesado.

I know for a fact they encourage electronic supplements with code, and I've had something at least reviewed there with a link to a Github repository.

Geoscientific Model Development is an open access journal for this purpose. Like other journals of the European Geophysical Union, it has an open review process.

Journal of Machine Learning Research (JMLR) has a 'Machine Learning Open Source Software' track. It is fairly selective (which I think is a good thing). The journal is entirely free (for authors and readers) and ran by volunteers.

The mathematical Optimization Society recently launched the Journal

Mathematical Programming Computation

From their "Aims and Scope":

Mathematical Programming Computation (MPC) publishes original research articles covering computational issues in mathematical optimization. Articles report on innovative software, comparative tests, modeling environments, libraries of data, and/or applications. A main feature of the journal is the inclusion of accompanying software and data with submitted manuscripts.

Concerning the topics, they write:

Topics covered in MPC include linear programming, convex optimization, nonlinear optimization, stochastic optimization, robust optimization, integer programming, combinatorial optimization, global optimization, network algorithms, and modeling languages.

Computing in Science and Engineering is another option. It's a hybrid of a scientific journal (with refereed feature articles) and a magazine (with unrefereed regular columns). It publishes articles that its readers are likely to find interesting. An article about software should thus contain some interesting material, e.g. about specific techniques used, that are useful to a wider audience than the software itself.

I should perhaps add that I am a member of the editorial board of this magazine.

Scientific Programming is an option that allows for a focus on the programming techniques employed in writing scientific software. (Disclosure: I'm on the Editorial Advisory Board.)

There are some application specific journals

Computers & Geoscience, Computers & Fluids, Computers & Structures,

etc.