Muchas veces, las ecuaciones a resolver representan una ley de conservación física. Por ejemplo, las ecuaciones de Euler para la dinámica de fluidos son representaciones de la conservación de masa, momento y energía. Dado que la realidad subyacente que estamos modelando es conservadora, es ventajoso elegir métodos que también sean conservadores.
También puede ver algo similar con los campos electromagnéticos. Las leyes de Maxwell incluyen la condición libre de divergencia para el campo magnético, pero esa ecuación no siempre se usa para la evolución de los campos. Un método que conserva esta condición (por ejemplo: transporte restringido) ayuda a igualar la física de la realidad.
Editar: @hardmath señaló que olvidé abordar la parte de "qué podría salir mal" de la pregunta (¡Gracias!). La pregunta se refiere específicamente a los ingenieros, pero proporcionaré algunos ejemplos de mi propio campo (astrofísica) y espero que ayuden a ilustrar las ideas lo suficiente como para generalizar lo que podría salir mal en una aplicación de ingeniería.
(1) Al simular una supernova, tiene una dinámica de fluidos vinculada a una red de reacción nuclear (y otra física, pero lo ignoraremos). Muchas reacciones nucleares dependen en gran medida de la temperatura, que (en una aproximación de primer orden) es una medida de la energía. Si no conserva la energía, su temperatura será demasiado alta (en cuyo caso, sus reacciones serán demasiado rápidas e introducirá mucha más energía y obtendrá un escape que no debería existir) o demasiado baja (en cuyo caso sus reacciones corre demasiado lento y no puedes alimentar una supernova).
(2) Cuando se simulan estrellas binarias, debe reformular la ecuación de momento para conservar el momento angular. Si no conservas el momento angular, entonces tus estrellas no pueden orbitarse entre sí correctamente. Si obtienen un impulso angular adicional, se separan y dejan de interactuar correctamente. Si pierden impulso angular, se chocan entre sí. Problemas similares ocurren al simular discos estelares. La conservación del momento (lineal) es deseable, porque las leyes de la física conservan el momento lineal, pero a veces hay que abandonar el momento lineal y conservar el momento angular porque eso es más importante para el problema en cuestión.
Tengo que admitir que, a pesar de citar la condición libre de divergencia de los campos magnéticos, no estoy tan bien informado allí. Si no se mantiene la condición libre de divergencia, se pueden generar monopolos magnéticos (de los que no tenemos evidencia actualmente), pero no tengo ningún buen ejemplo de los problemas que podrían causar en una simulación.