Respuestas:
Mi PI2B (sin alteraciones) tiene un /boot/cmdline.txt de
dwc_otg.lpm_enable=0 console=ttyAMA0,115200 console=tty1 root=/dev/mmcblk0p2 rootfstype=ext4 elevator=deadline rootwait
Solo debe haber una línea no comentada. No es como /boot/config.txt donde tiene entradas en varias líneas. La línea que comienza con # se ignora, por lo que si desea cambiar la línea, le sugiero que deje el original con un # al comienzo.