Kali Linux, una distribución derivada de Debian, documenta el cifrado de disco Raspberry Pi en https://docs.kali.org/kali-dojo/04-raspberry-pi-with-luks-disk-encryption
Extracto citado del 30/04/2019:
Vista de pájaro del proceso de cifrado de disco El proceso descrito a continuación se probó y probó con éxito en una Raspberry Pi B + y una Raspberry Pi 2/3 (en adelante denominadas colectivamente "RPi"). pero debería ser trivial portar estas instrucciones a cualquier dispositivo ARM que ejecute Kali. Antes de comenzar, tomemos un minuto para describir rápidamente lo que haremos, ya que si bien este proceso no es complicado, está involucrado. Este es básicamente nuestro spiel:
Descargamos la imagen requerida de Kali RPi y la guardamos en una tarjeta SD. Cambiamos a la imagen RPi e instalamos / actualizamos varios archivos en preparación para nuestro arranque encriptado. Creamos un archivo initramfs que incluye Dropbear y claves SSH recién generadas. Sincronizamos los rootfs modificados a una ubicación de respaldo temporal y luego eliminamos la partición rootfs de la tarjeta SD. Luego, recreamos una partición cifrada en la que restauramos los datos de la partición raíz. ¡Eso es! Si todo va bien, el RPi se iniciará y LUKS se activará y solicitará una contraseña para descifrar la unidad raíz, al mismo tiempo que abre una sesión Dropbear SSH a través de la cual puede ingresar SSH y proporcionar la contraseña de descifrado de arranque. Oh sí, ¿mencionamos que esta imagen también tiene capacidades LUKS NUKE?
respuesta anterior vinculada a: https://www.offensive-security.com/kali-linux/raspberry-pi-luks-disk-encryption/