¿Creó 'Distribución' o una configuración similar para hacer archivos Ad-Hoc y App Store? Como muchos otros, seguí las recomendaciones de Apple y denominé la configuración 'Release', la llamé 'Distribución' y establecí diferentes reglas de firma. Bueno, tal vez fue una recomendación antes de que introdujeran esquemas y la opción "Distribuir" en el Organizador, de todos modos, lo tenía antes.
Entonces tuve el mismo problema con Pods. Todo funcionó bien al depurar, pero el archivo falló con un error de enlace. Después de intentar esto y que cambié la configuración de archivo de mi proyecto original de 'Distribución' a 'Versión' y el error de enlace desapareció.
Sin embargo, el archivo no apareció en Organizer, aunque pude ubicarlo en el sistema de archivos, pero tenía un tamaño 0.
El último paso para solucionar todo esto fue cambiar la configuración de "Omitir instalación" para la configuración de 'Liberar' a "NO". Tenga en cuenta que debe hacer esto solo para su proyecto principal, pero no para el proyecto Pods. Mejor deje el proyecto Pods como está, ya que se genera cada vez que ejecuta 'pod install'.
Actualización
Acabo de recibir una respuesta de los desarrolladores de CocoaPods
No parece funcionar para mí, ya que tenía la configuración de Pods configurada correctamente. Pero podría ayudar a alguien más.