Respuestas:
Sí tu puedes. Pruébalo, funciona bien. Coloque un .gitignoreen la raíz de su repositorio y coloque otro .gitignorecon cosas adicionales para ignorar en un subdirectorio.
Una pregunta similar fue: ¿están mal vistos varios `.gitignore`? (Julio 2010)
O si puede tener una versión diferente de un .gitignorearchivo por rama: Uso de github para alojar repositorios públicos de git mientras se garantiza que los archivos de datos confidenciales permanecen sin seguimiento (febrero de 2010)
Quizás más relacionado: ¿Cómo le digo a git que siempre seleccione mi versión local para fusiones en conflicto en un archivo específico?