En todas las pruebas que he visto, eAccelerator funciona más rápido que cualquier otro caché y usa menos memorias para hacerlo. Viene con una secuencia de comandos ingeniosa para ver la utilización de la caché y borrar la caché, etc. eAccelerator es compatible con xdebug y Zend Optimizer.
APC se incluye en PHP porque los desarrolladores de PHP lo mantienen. Funciona muy bien, pero no tan bien como eAccelerator. Y tiene problemas de compatibilidad con Zend Optimizer.
Xcache fue creado por los desarrolladores de lighttpd, los puntos de referencia muestran que funciona de manera similar a eAccelerator y más rápido que APC.
Así que ¿cuál es el mejor?
APC = Genial si desea un caché fácil que siempre funcione con PHP, sin problemas. eAccelerator = Si tiene tiempo para mantenerlo, manténgalo actualizado y comprenda cómo funciona, funcionará más rápido. El soporte a largo plazo no es tan seguro como APC porque APC lo realizan los desarrolladores de PHP.