Se hace parecer un poco engorroso hacer caso omiso de los archivos (y carpetas) en Team Foundation Server. He encontrado un par de formas de hacer esto (usando TFS / Team Explorer / Visual Studio 2008). Estos métodos también funcionan con el tipo de proyecto ASP del sitio web.
Una forma es agregar un elemento nuevo o existente a un proyecto (por ejemplo, hacer clic con el botón derecho en el proyecto, Agregar elemento existente o arrastrar y soltar desde el explorador de Windows al explorador de soluciones), dejar que TFS procese los archivos o la carpeta y luego deshacerlos cambios en los artículos. TFS los desmarcará como teniendo un cambio de agregar pendiente, y los archivos se quedarán en silencio en el proyecto y permanecerán fuera de TFS.
Otra forma es con el comando Agregar elementos a la carpeta de Source Control Explorer. Esto inicia un pequeño asistente, y en uno de los pasos puede seleccionar elementos para excluir (aunque, creo que debe agregar al menos un elemento a TFS con este método para que el asistente le permita continuar).
Incluso puede agregar una política de registro de patrones prohibidos (en Equipo -> Configuración del proyecto de equipo -> Control de origen ... -> Política de registro) para evitar que otras personas del equipo ingresen ciertos activos por error.