Necesita agregarlo a los ejes. A Circlees una subclase de an Artist, y an axestiene un add_artistmétodo.
Aquí hay un ejemplo de hacer esto:
import matplotlib.pyplot as plt
circle1 = plt.Circle((0, 0), 0.2, color='r')
circle2 = plt.Circle((0.5, 0.5), 0.2, color='blue')
circle3 = plt.Circle((1, 1), 0.2, color='g', clip_on=False)
fig, ax = plt.subplots() # note we must use plt.subplots, not plt.subplot
# (or if you have an existing figure)
# fig = plt.gcf()
# ax = fig.gca()
ax.add_artist(circle1)
ax.add_artist(circle2)
ax.add_artist(circle3)
fig.savefig('plotcircles.png')
Esto da como resultado la siguiente figura:

El primer círculo está en el origen, pero por defecto lo clip_onestá True, por lo que el círculo se recorta cuando se extiende más allá del axes. El tercer círculo (verde) muestra lo que sucede cuando no recorta el Artist. Se extiende más allá de los ejes (pero no más allá de la figura, es decir, el tamaño de la figura no se ajusta automáticamente para representar a todos sus artistas).
Las unidades para x, y y radio corresponden a unidades de datos por defecto. En este caso, no tracé nada en mis hachas (fig.gca() devuelve los ejes actuales), y dado que los límites nunca se han establecido, el valor predeterminado es un rango x e y de 0 a 1.
Aquí hay una continuación del ejemplo, que muestra cómo importan las unidades:
circle1 = plt.Circle((0, 0), 2, color='r')
# now make a circle with no fill, which is good for hi-lighting key results
circle2 = plt.Circle((5, 5), 0.5, color='b', fill=False)
circle3 = plt.Circle((10, 10), 2, color='g', clip_on=False)
ax = plt.gca()
ax.cla() # clear things for fresh plot
# change default range so that new circles will work
ax.set_xlim((0, 10))
ax.set_ylim((0, 10))
# some data
ax.plot(range(11), 'o', color='black')
# key data point that we are encircling
ax.plot((5), (5), 'o', color='y')
ax.add_artist(circle1)
ax.add_artist(circle2)
ax.add_artist(circle3)
fig.savefig('plotcircles2.png')
lo que resulta en:

Puede ver cómo configuro el relleno del segundo círculo False, lo cual es útil para rodear los resultados clave (como mi punto de datos amarillo).