No creo que pueda establecer un estilo predeterminado para todos los archivos (aunque puede haber algunos trucos de archivos de configuración que sí lo permiten), pero como menciona específicamente los .configarchivos, puede abrir el langs.xmlolangs.model.xml archivo en el directorio de instalación de Notepad ++, encuentre la xmlsección , y agregue configal valor del extatributo:
<Language name="xml" ext="xml xsml xsl xsd kml wsdl config" commentLine="" commentStart="<!--" commentEnd="-->">
</Language>
O use el Style Configuarator como lo señaló @AdamHawkes (+1), en lugar de perder el tiempo en los archivos de configuración XML.