La respuesta aceptada no funciona en Jupyter (al menos cuando se usan algunas bibliotecas).
Las soluciones Javascript aquí solo ocultan advertencias que ya se muestran, pero no advertencias que se mostrarán en el futuro.
Para ocultar / mostrar advertencias en Jupyter y JupyterLab, escribí el siguiente script que esencialmente alterna css para ocultar / mostrar advertencias.
%%javascript
(function(on) {
const e=$( "<a>Setup failed</a>" );
const ns="js_jupyter_suppress_warnings";
var cssrules=$("#"+ns);
if(!cssrules.length) cssrules = $("<style id='"+ns+"' type='text/css'>div.output_stderr { } </style>").appendTo("head");
e.click(function() {
var s='Showing';
cssrules.empty()
if(on) {
s='Hiding';
cssrules.append("div.output_stderr, div[data-mime-type*='.stderr'] { display:none; }");
}
e.text(s+' warnings (click to toggle)');
on=!on;
}).click();
$(element).append(e);
})(true);