Creo que esto aquí mismo http://flask.pocoo.org/docs/deploying/uwsgi/ es una buena respuesta para aclarar la confusión. La pregunta no es tonta, le sucede a cualquiera que vea los dos términos y no tenga información previa sobre cómo funcionan las cosas fuera del mundo mod_PHP (por ejemplo, nada contra php o la gente)
El sitio hace bien en explicar en términos prácticos qué se necesita y cuál es la diferencia, así como un buen ejemplo de implementación para nginx.
Para mayor comodidad, aquí se cita la explicación de Flask wiki:
uWSGI es una opción de implementación en servidores como nginx, lighttpd y cherokee; consulte FastCGI y Standalone WSGI Containers para conocer otras opciones. Para usar su aplicación WSGI con el protocolo uWSGI, primero necesitará un servidor uWSGI. uWSGI es tanto un protocolo como un servidor de aplicaciones; el servidor de aplicaciones puede servir protocolos uWSGI, FastCGI y HTTP.
El servidor uWSGI más popular es uwsgi, que usaremos para esta guía. Asegúrese de tenerlo instalado para seguir adelante.