¿Necesitas fingir un clic de anclaje? Desde el sitio de thickbox:
ThickBox se puede invocar desde un elemento de enlace, un elemento de entrada (generalmente un botón) y el elemento de área (mapas de imagen).
Si eso es aceptable, debería ser tan fácil como poner la clase thickbox en la entrada:
<input id="thickboxButton" type="button" class="thickbox" value="Click me">
De lo contrario, recomendaría usar Firebug y colocar un punto de interrupción en el método onclick del elemento de anclaje para ver si solo se activa en el primer clic.
Editar:
De acuerdo, tuve que probarlo por mí mismo y para mí casi exactamente su código funcionó tanto en Chrome como en Firefox:
<html>
<head>
<link rel="stylesheet" href="thickbox.css" type="text/css" media="screen" />
</head>
<body>
<script src="jquery-latest.pack.js" type="text/javascript"></script>
<script src="thickbox.js" type="text/javascript"></script>
<input onclick="$('#thickboxId').click();" type="button" value="Click me">
<a id="thickboxId" href="myScript.php" class="thickbox" title="">Link</a>
</body>
</html>
La ventana emergente no importa si hago clic en la entrada o en el elemento de anclaje. Si el código anterior funciona para usted, sugiero que su error se encuentre en otra parte y que intente aislar el problema.
Otra posibilidad es que estamos usando diferentes versiones de jquery / thickbox. Estoy usando lo que obtuve de la página de thickbox: jquery 1.3.2 y thickbox 3.1.