Todavía soy un principiante en git, y fue solo un error estúpido que cometí, una larga historia en una oración. No estaba en una subcarpeta como informó @gaoagong, sino al revés, en una carpeta principal. Por extraño que parezca, no obtuve la idea de esa respuesta, en cambio, la idea surgió cuando probé git add --all, vea la larga historia a continuación.
Ejemplo en detalles.
Repo real:

La carpeta principal que había abierto por error en el nivel principal (vscode_git en mi caso):

Había clonado un repositorio, pero tenía una carpeta principal por encima de este repositorio que había abierto en su lugar, y luego intenté agregar un archivo del repositorio de la subcarpeta con git add 'd:\Stack Overflow\vscode_git\vscode-java\.github\ISSUE_TEMPLATE.md', que simplemente no hizo nada, sin mensaje de advertencia, y git statusluego dijo:
no se agregó nada para confirmar, pero los archivos sin seguimiento están presentes (use "git add" para realizar el seguimiento)

Correr git add --allme dio las notas amarillas:
advertencia: agregando repositorio git integrado: vscode-java el repositorio integrado y no sabrá cómo obtenerlo.
pista: si deseaba agregar un submódulo, use: git submodule agregar vscode-java
pista: si agregó esta ruta por error, puede eliminarla del índice con git rm --cached vscode-java
Consulte "submódulo de ayuda de git" para obtener más información.

Para solucionar esto, revirtí el git add --allcon git rm --cached -r -f -- "d:\Stack Overflow\vscode_git\vscode-java" rm 'vscode-java':

Luego, simplemente abriendo la carpeta de repositorio real en su lugar,

el git volvió a funcionar como se esperaba. Por supuesto, la carpeta ".git" de la carpeta principal podría eliminarse entonces:
