La respuesta que proporcionaría es que un archivo de almacén de claves es para autenticarse ante cualquier persona que lo solicite. No se limita a solo firmar archivos .apk, puede usarlo para almacenar certificados personales, firmar datos para transmitir y una gran variedad de autenticación.
En términos de lo que haces con él para Android y probablemente de lo que estás buscando, ya que mencionas firmar apk, es tu certificado. Está marcando su solicitud con sus credenciales. Puede marcar múltiples aplicaciones con la misma clave, de hecho, se recomienda que use un certificado para marcar múltiples aplicaciones que escriba. Es más fácil hacer un seguimiento de las aplicaciones que le pertenecen.
No estoy seguro de lo que quieres decir con implicaciones. Supongo que significa que nadie más que el titular de su certificado puede actualizar su solicitud. Eso significa que si lo libera en la naturaleza, pierde el certificado que usó para firmar la aplicación, entonces no puede lanzar actualizaciones, así que mantenga ese certificado seguro y haga una copia de seguridad si es necesario.
Pero además de firmar apks para liberar en la naturaleza, puede usarlo para autenticar su dispositivo en un servidor a través de SSL si así lo desea, (también relacionado con Android), entre otras funciones.