No, dentro de la carpeta de vistas no es bueno.
Mira: debes tener 3 carpetas básicas en tu proyecto:
sistema // Este es el marco de CI no hay muchas razones para tocar estos archivos
aplicación // aquí es donde va tu lógica, los archivos que crean la aplicación ,
public // este debe ser tu documentroot
Por razones de seguridad, es mejor mantener su marco y la aplicación fuera de su raíz documental (public_html, htdocs, public, www ... etc.)
Dentro de su carpeta pública, debe poner su información pública, lo que los navegadores pueden ver, es común encontrar las carpetas: imágenes, js, css; entonces su estructura será:
|- system/
|- application/
|---- models/
|---- views/
|---- controllers/
|- public/
|---- images/
|---- js/
|---- css/
|---- index.php
|---- .htaccess