Hay mucha confusión y mal uso de estos términos. A menudo uno se usa para significar otro. Esto es lo que realmente significan esos términos.
"Nativo" se refiere a los tipos integrados en el idioma, en lugar de ser proporcionados por una biblioteca (incluso una biblioteca estándar), independientemente de cómo se implementen. Las cadenas de Perl son parte del lenguaje Perl, por lo que son nativas en Perl. C proporciona semántica de cadenas sobre punteros a caracteres mediante una biblioteca, por lo que el puntero a char es nativo, pero las cadenas no lo son.
"Atómico" se refiere a un tipo que ya no se puede descomponer. Es lo contrario de "compuesto" . Los compuestos se pueden descomponer en una combinación de valores atómicos u otros compuestos. Los enteros nativos y los números de coma flotante son atómicos. Las fracciones, números complejos, contenedores / colecciones y cadenas son compuestos.
"Escalar" , y este es el que confunde a la mayoría de las personas, se refiere a valores que pueden expresar la escala (de ahí el nombre), como el tamaño, el volumen, los recuentos, etc. Los enteros, los números de coma flotante y las fracciones son escalares. Los números complejos, los booleanos y las cadenas NO son escalares. Algo que es atómico no es necesariamente escalar y algo que es escalar no es necesariamente atómico. Los escalares pueden ser nativos o proporcionados por bibliotecas.
Algunos tipos tienen clasificaciones impares. Los tipos BigNumber, generalmente implementados como una matriz de dígitos o enteros, son escalares, pero técnicamente no son atómicos. Pueden parecer atómicos si la implementación está oculta y no puede acceder a los componentes internos. Pero los componentes solo están ocultos, por lo que la atomicidad es una ilusión. Casi siempre se proporcionan en bibliotecas, por lo que no son nativas, pero podrían serlo. En el lenguaje de programación de Mathematica, por ejemplo, los números grandes son nativos y, dado que no hay forma de que un programa de Mathematica los descomponga en sus bloques de construcción, también son atómicos en ese contexto, a pesar del hecho de que son compuestos bajo el portadas (donde ya no estás en el mundo del lenguaje Mathematica).
Estas definiciones son independientes del lenguaje utilizado.