Es bastante fácil para un disco tener una gran cantidad de inodos utilizados incluso si el disco no está muy lleno.
Se asigna un inodo a un archivo, por lo que, si tiene miles de millones de archivos, todos de 1 byte cada uno, se quedará sin inodos mucho antes de quedarse sin disco.
También es posible que eliminar archivos no reduzca el recuento de inodos si los archivos tienen múltiples enlaces duros. Como dije, los inodes pertenecen al archivo, no a la entrada del directorio. Si un archivo tiene dos entradas de directorio vinculadas, eliminar una no liberará el inodo.
Además, puede eliminar una entrada de directorio pero, si un proceso en ejecución todavía tiene el archivo abierto, el inodo no se liberará.
Mi consejo inicial sería eliminar todos los archivos que pueda, luego reiniciar el cuadro para asegurarse de que no quedan procesos que mantengan los archivos abiertos.
Si hace eso y aún tiene un problema, infórmenos.
Por cierto, si está buscando los directorios que contienen muchos archivos, este script puede ayudarlo:
#!/bin/bash
# count_em - count files in all subdirectories under current directory.
echo 'echo $(ls -a "$1" | wc -l) $1' >/tmp/count_em_$$
chmod 700 /tmp/count_em_$$
find . -mount -type d -print0 | xargs -0 -n1 /tmp/count_em_$$ | sort -n
rm -f /tmp/count_em_$$