Una 'aplicación' puede ser muchas cosas diferentes, todo se reduce al gusto. Por ejemplo, digamos que está creando un blog. Su aplicación podría ser el blog completo, o podría tener una aplicación de 'administración', una aplicación de 'sitio' para todas las vistas públicas, una aplicación de 'rss', una aplicación de 'servicios' para que los desarrolladores puedan interactuar con el blog en su propios caminos, etc.
Personalmente, convertiría el blog en la aplicación y desglosaría la funcionalidad dentro de él. El blog podría reutilizarse con bastante facilidad en otros sitios web.
Lo bueno de Django es que reconocerá cualquier archivo models.py dentro de cualquier nivel de su árbol de directorios como un archivo que contiene modelos Django. Por lo tanto, dividir su funcionalidad en 'subaplicaciones' más pequeñas dentro de una 'aplicación' en sí no hará nada más difícil.