Esta pregunta tiene una respuesta aceptada, pero creo que hay más que decir sobre el tema: con respecto a la velocidad.
SharedPreferences y Sqlite DB de una aplicación son solo archivos, almacenados en los directorios de la aplicación en el sistema de archivos del dispositivo. Si la cantidad de datos no es demasiado grande, la opción Sqlite implicará un archivo más grande y más complicado con más sobrecarga de procesamiento para un acceso simple.
Por lo tanto, si la naturaleza de los datos no dicta su elección (como se explica en la respuesta aceptada) y la velocidad es importante, entonces probablemente sea mejor usar SharedPreferences.
Y leer algunos datos a menudo es una ruta crítica para mostrar la actividad principal, por lo que creo que la velocidad a menudo es muy importante.
Una última reflexión con respecto a la velocidad y la eficiencia: si necesita usar una base de datos Sqlite para algunos datos estructurados, entonces probablemente sea más eficiente también almacenar las preferencias del usuario en la base de datos para no abrir un segundo archivo. Esta es una consideración bastante menor, probablemente valga la pena considerarla solo si necesita acceder tanto a los datos estructurados como a las preferencias antes de poder mostrar la actividad principal.