En primer lugar, tenga en cuenta que no he usado ninguno de ellos (pero he usado Node.js).
Ambas bibliotecas están bien documentadas y tienen una API estable. Sin embargo, persistence.js parece usarse en más proyectos . Sin embargo, no sé si todos lo siguen usando.
El desarrollador de sequelize a veces bloguea al respecto en blog.depold.com . Cuando desee utilizar claves principales como claves externas, necesitará el parche que se describe en esta publicación de blog . Si desea ayuda para persistence.js, hay un grupo de Google dedicado a ello.
De los ejemplos que deduzco, la secuencia es un poco más similar a JavaScript (más azúcar) que persistance.js, pero tiene soporte para menos almacenes de datos (solo MySQL, mientras que persistance.js incluso puede usar tiendas en el navegador).
Creo que la secuencia podría ser el camino a seguir para usted, ya que solo necesita soporte de MySQL. Sin embargo, si necesita algunas funciones convenientes (por ejemplo, búsqueda) o si desea utilizar una base de datos diferente más adelante, deberá utilizar persistence.js.