Respuestas:
Tienes tu barra al revés, debería ser "\n"
for pair in zip(A, B):
print ">"+'\n'.join(pair)
Las tres formas que puede utilizar para el carácter de nueva línea:
'\n'
"\n"
"""\n"""
\nes una secuencia de escape, indicada por la barra invertida. Una barra inclinada normal, como /nno funcionará. En su código está utilizando en /nlugar de \n.
Además, si lo está convirtiendo en un programa de consola, puede hacer: print(" ")y continuar con su programa. Encontré que es la forma más fácil de separar mi texto.
\n. Ese era el problema