Recientemente he usado tanto Raphael como jQuery SVG, y aquí están mis pensamientos:
Rafael
Pros: una buena biblioteca de inicio, fácil de hacer MUCHAS cosas con SVG rápidamente. Bien escrito y documentado. Muchos ejemplos y demostraciones. Arquitectura muy extensible. Genial con la animación.
Contras: es una capa sobre el marcado SVG real, hace que sea difícil hacer cosas más complejas con SVG, como la agrupación (admite Conjuntos, pero no grupos). No funciona muy bien con la edición de elementos ya existentes.
jQuery SVG
Pros: un complemento jquery, si ya está utilizando jQuery. Bien escrito y documentado. Muchos ejemplos y demostraciones. Admite la mayoría de los elementos SVG, permite el acceso nativo a los elementos fácilmente
Contras: arquitectura no tan extensible como Rafael. Algunas cosas podrían estar mejor documentadas (como configurar el elemento SVG). No funciona muy bien con la edición de elementos ya existentes. Se basa en la semántica SVG para la animación, lo que no es tan bueno.
SnapSVG como una versión SVG pura de Raphael
SnapSVG es el sucesor de Raphael. Solo se admite en los navegadores habilitados para SVG y admite casi todas las características de SVG.
Conclusión
Si está haciendo algo rápido y fácil, Raphael es una opción fácil. Si vas a hacer algo más complejo, elegí usar jQuery SVG porque puedo manipular el marcado real significativamente más fácil que con Raphael. Y si desea una solución que no sea jQuery, entonces SnapSVG es una buena opción.