Caret doparallel en Rmarkdown: falta información detallada cuando se usa render ()

Tengo el siguiente Rmarkdowndocumento de ejemplo simple (test.Rmd):

---
title: "Test Knit Caret Paralell VerboseIter"
output: html_document
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)

require(caret)
require(doParallel)


```

## data

```{r data}

set.seed(998)
training <- twoClassSim()

```

## model

```{r fitmodel}
fitControl <- trainControl(
  method = "repeatedcv",
  number = 3,
  repeats = 2,
  verboseIter = T)


ncores <- detectCores()-1

cl <<- makePSOCKcluster(ncores, verbose = TRUE, outfile = "")
registerDoParallel(cl)

set.seed(825)
Fit <- train(Class ~ ., 
             data = training, 
             method = "nnet", 
             trControl = fitControl,
             trace = FALSE
)
stopCluster(cl)
registerDoSEQ()
```

## results

```{r results}
Fit
```

Tengo varias opciones para ejecutar este código o tejer el documento

1. Use 'Ejecutar todos los fragmentos' en Rstudio
2. Use el Knitbotón en Rstudio
3. Knit documento con render("test.Rmd")

Sucede lo siguiente

1. No se imprime información en la salida o la consola en las iteraciones
2. La información se imprime en el R markdownpanel
3. No se imprime información en la consola

En el proyecto en el que trabajo quiero knitel documento con diferentes parámetros, así que quiero usar la última opción. Sin embargo, también quiero ver el progreso en el ajuste del modelo. Por eso quiero usar la opción 3.

¿Cómo puedo obtener la información de las iteraciones impresas en la consola cuando se procesan los documentos?

Esta es la salida esperada que quiero ver:

+ Fold1.Rep1: size=1, decay=0e+00 
+ Fold1.Rep1: size=3, decay=0e+00 
+ Fold1.Rep1: size=5, decay=0e+00 
- Fold1.Rep1: size=1, decay=0e+00 
+ Fold1.Rep1: size=1, decay=1e-01 
- Fold1.Rep1: size=3, decay=0e+00 
+ Fold1.Rep1: size=3, decay=1e-01 
- Fold1.Rep1: size=5, decay=0e+00 
+ Fold1.Rep1: size=5, decay=1e-01 
- Fold1.Rep1: size=1, decay=1e-01 
+ Fold1.Rep1: size=1, decay=1e-04 
- Fold1.Rep1: size=3, decay=1e-01 
+ Fold1.Rep1: size=3, decay=1e-04 
- Fold1.Rep1: size=1, decay=1e-04 
etc.

Esto puede producir lo que usted está buscando, adaptado a partir de aquí , que, esencialmente, se replica cuando se utiliza el knitbotón rstudio, lo que produce el modo de detalle de train, sin embargo el uso de este método debe ser capaz de pasar en parametersa render. Simplemente cambie la ruta a la wdde su rmdarchivo

owd = setwd("path/to/your-Rmd-directory")
system2("Rscript", c("-e", shQuote("library(rmarkdown); render('test.Rmd')"),
            system2("html", "test.html"),
            setwd(owd)))

Puede agregar una knit_hooken la parte superior del archivo Rmd para capturar los resultados de la consola e imprimirlos mientras se procesa.

```{r, include=FALSE}
print_output <- function(x, options) {
  cat(x)
  return(x)
}
knitr::knit_hooks$set(chunk = print_output)
```