Aquí hay un buen artículo del MDC que explica los problemas (y las soluciones) para formar el autocompletado. Microsoft ha publicado algo similar aquí también.
Para ser honesto, si esto es algo importante para sus usuarios, 'romper' los estándares de esta manera parece apropiado. Por ejemplo, Amazon usa el atributo 'autocompletar' bastante, y parece funcionar bien.
Si desea eliminar la advertencia por completo, puede usar JavaScript para aplicar el atributo a los navegadores que lo admiten (IE y Firefox son los navegadores importantes) utilizando someForm.setAttribute( "autocomplete", "off" ); someFormElm.setAttribute( "autocomplete", "off" );
Finalmente, si su sitio está usando HTTPS, IE desactiva automáticamente el autocompletado (al igual que otros navegadores, que yo sepa).
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Como esta respuesta todavía recibe bastantes votos a favor, solo quería señalar que en HTML5, puede usar el atributo 'autocompletar' en su elemento de formulario. Consulte la documentación en W3C para ello.