Hay muchas respuestas y la mayoría de ellas funcionarán, pero agregaré un punto más, que, creo, no tiene menos importancia.
Según su mensaje de registro, lo está utilizando maven. Maven es una herramienta de gestión de proyectos que se basa en algunas convenciones. Construye el proyecto, crea una estructura de directorios adecuada y coloca los archivos en los directorios correspondientes que cumplen con Sun Microsystems Directory Structure Standardlas aplicaciones Java EE / Web.
Puede incorporar muchas cosas, incluidos los complementos de Maven, cambiar / reconfigurar el directorio raíz del proyecto, etc., pero hay un paso simple que puede hacer y su proyecto debería estar bien. Simplemente coloque su web.xmldebajo src\main\webapp\WEB-INF\e intente construir el proyecto con mvn package.
Espero que esto agregue un poco más de luz a este problema.