Me encontré con el mismo problema, necesitaba compilar con el SDK 10.6. ¡Pero descubrí que XCode 4.4 no contiene este SDK! Así que tuve que volver a colocarlo, abriendo el contenido del paquete XCode.app y yendo a: XCode.app/Contents/Developer/Platforms/MacOSX.platforms/Developer/SDKs y copiando en MacOSX10.6.sdk desde mi antiguo XCode 3 Carpeta de desarrollador.
¡Sorprendentemente, esto funciona! Cuando sale y vuelve a iniciar XCode, y selecciona el SDK base para el proyecto, aparece 10.6 en el menú desplegable.
Pero cuidado, cuando XCode instale una actualización, tendrá que repetir este proceso, como descubrí justo ahora después de actualizar a 4.4.1.