También tenía la Perspectiva de Java activada y esto todavía no funcionaba. Mi eclipse solo formateaba archivos css y Html, pero no JAVA.
Entonces, encontré esta respuesta que explica esto:
Debe agregar Java Facet al proyecto para permitir que el formateador Eclipse detecte las clases Java
Luego, debe verificar PROJECT-PROPERTIES-PROJECT FACETS
y activar la faceta Java para el proyecto:

Y al hacer clic derecho sobre la parte superior PACKAGE-EXPLORER
, encontrará la opción FUENTE - FORMATO, y también formateará los archivos Java.
Tenga cuidado, verifique su explorador de paquetes, no el Explorador de proyectos (haga clic en Ventana-Mostrar Vista-Explorador de paquetes)
