He utilizado con éxito jquery, YUI y Dojo en diferentes proyectos de django. No hay nada sobre ninguno de los que lo hizo mejor para usar con django específicamente. Estoy de acuerdo con jpartogy en que mochikit puede ajustarse a django más que cualquier otro solo por la API "pythonic" (retorcida). Realmente depende de lo que esté buscando en un marco ajax.
Personalmente, me gusta lo que jQuery puede hacer con cantidades determinadas de código, pero el mayor desafío al escribir código jQuery es hacerlo legible.
YUI es mucho más detallado que otros marcos porque establece una convención para usar espacios de nombres, pero hay atajos para escribir menos código y evita intentar hacer que JavaScript se vea como otra cosa.
Dojo intenta hacer que javascript se parezca a Java y, según mi experiencia, es bastante lento. Tiene algunos widgets agradables y una implementación de javascript del lenguaje de plantillas django (que es bastante útil incluso fuera de los proyectos de django).
Personalmente, evito prototipos y mootools porque pueden romper otro código javascript (o viceversa).
Si eres nuevo en javascript y ajax, te recomendaría jQuery porque es el más fácil para empezar. Pero no espero que ningún marco js se integre con django principalmente porque realmente no hay necesidad de eso.