Aquí hay un artículo que resume breve y concisamente por qué doblar es genial. La única razón es que el plegado facilita la navegación de archivos muy grandes.
Si desea dejar el plegado habilitado y simplemente comenzar siempre con todos los pliegues abiertos, la wiki de vim le indica cómo. El método que le interesa probablemente sea el método de autocomando.
" Tweak the event and filetypes matched to your liking.
" Note, perl automatically sets foldmethod in the syntax file
autocmd Syntax c,cpp,vim,xml,html,xhtml setlocal foldmethod=syntax
autocmd Syntax c,cpp,vim,xml,html,xhtml,perl normal zR
También recomendaría buscar métodos de plegado personalizados para el idioma que usa. Simplemente buscando en Google "vim <insertar idioma aquí> plegable" debería aparecer una serie de opciones. Juega con las diferentes opciones hasta que encuentres un método de plegado que te guste.
:set foldlevel
y:set foldlevelstart
para ver en qué se establecen. Mi suposición inicial es que estos valores se están restableciendo en alguna parte. Cuando agrego esos valores a mi vimrc, todo funciona como se esperaba.