Si simplemente reiniciar Xcode y el iPhone no ayuda, mire sus perfiles de aprovisionamiento. Shift-Command-2 lo muestra desde dentro de Xcode. Luego puede seleccionar el dispositivo y luego aprovisionar perfiles dentro de ese. Eliminar sus perfiles (el mío tenía numerosas entradas de aspecto similar creadas por Xcode) y luego reiniciar Xcode y el iPhone soluciona el problema.
Si su aplicación es una aplicación en segundo plano, deberá eliminarla manualmente antes de implementar la nueva versión. Por ejemplo, supongamos que tiene una aplicación compatible con iBeacon y se marca como un consumidor de fondo de Bluetooth Low Energy, entonces el sistema operativo mantiene algún registro de su aplicación incluso cuando no se está ejecutando. Este registro no se borra correctamente cuando se implementa una nueva versión (iOS 7.0.4). Eso provocará el error informado, además de colgar el protocolo de depuración e implementación en el teléfono. El teléfono deberá reiniciarse.
Un truco para evitar el problema es cambiar la identificación del paquete de su aplicación a algo que el teléfono no haya visto. Luego, se implementa en el teléfono como una aplicación recién vista que evita problemas de referencias a la aplicación anterior.