El siguiente es el método que encontré:
1) Haga una lista de archivos con rutas relativas en un archivo (por ejemplo, FilesList.txt) de la siguiente manera (separados por espacios o líneas):
foo/AccessTestInterface.java
foo/goo/AccessTestInterfaceImpl.java
2) Utilice el comando:
javac @FilesList.txt -d classes
Esto compilará todos los archivos y colocará los archivos de clase dentro del directorio de clases.
Ahora, una forma fácil de crear FilesList.txt es esta: Vaya a su directorio raíz de origen.
dir *.java /s /b > FilesList.txt
Pero, esto poblará la ruta absoluta. Usando un editor de texto, "Reemplazar todo" la ruta hasta el directorio de origen (incluir \ al final) con "" (es decir, cadena vacía) y Guardar.