Sé cómo hacer esto en SVN,
svn diff http://svn.example.com/branches/A/File1.txt http://svn.example.com/branches/B/File1.txt
Pero tiene que haber una forma menos dolorosa de hacer esto en TortoiseSVN. Pensaría que podría hacerlo desde Show Log, pero parece que solo muestra revisiones en la rama actual.