Una desventaja ocurre si sus URL se ven fuera del contexto de una página web. Por ejemplo, un mensaje de correo electrónico que se encuentra en un cliente de correo electrónico (por ejemplo, Outlook) efectivamente no tiene URL, y cuando está viendo un mensaje que contiene una URL relativa al protocolo, no hay ningún contexto de protocolo obvio (el mensaje en sí es independiente del protocolo utilizado para obtenerlo, ya sea POP3, IMAP, Exchange, uucp o lo que sea), por lo que la URL no tiene un protocolo con el que estar relacionado. No he investigado la compatibilidad con los clientes de correo electrónico para ver qué hacen cuando se les presenta un controlador de protocolo que falta: supongo que la mayoría adivinará en http. Apple Mail se niega a permitirle ingresar una URL sin un protocolo. Es análogo a la forma en que las URL relativas no funcionan en el correo electrónico debido a un contexto similar que falta.
Problemas similares podrían ocurrir en otros contextos no HTTP, como en tweets, mensajes SMS, documentos de Word, etc.
La explicación más general es que las URL de protocolo anónimo no pueden funcionar de forma aislada; no debe ser un contexto pertinente. Por lo tanto, en una página web típica está bien ingresar una biblioteca de scripts de esa manera, pero cualquier enlace externo siempre debe especificar un protocolo. Intenté una prueba simple: //stackoverflow.com
asigna a file:///stackoverflow.com
todos los navegadores en los que lo probé, por lo que realmente no funcionan por sí mismos.