En MySQL, no hay forma de especificar un motor de almacenamiento para una determinada base de datos, solo para tablas individuales. Sin embargo, puede especificar un motor de almacenamiento que se utilizará durante una sesión con:
SET storage_engine=InnoDB;
Por lo tanto, no tiene que especificarlo para cada tabla.
¿Cómo confirmo, si de hecho todas las tablas están usando InnoDB?