Verifique la existencia del directorio y cree si no existe

A menudo me encuentro escribiendo scripts R que generan una gran cantidad de resultados. Me parece más limpio poner esta salida en su propio directorio (s). Lo que he escrito a continuación verificará la existencia de un directorio y se moverá a él, o creará el directorio y luego se moverá a él. ¿Hay una mejor manera de abordar esto?

mainDir <- "c:/path/to/main/dir"
subDir <- "outputDirectory"

if (file.exists(subDir)){
    setwd(file.path(mainDir, subDir))
} else {
    dir.create(file.path(mainDir, subDir))
    setwd(file.path(mainDir, subDir))

}

Uso showWarnings = FALSE:

dir.create(file.path(mainDir, subDir), showWarnings = FALSE)
setwd(file.path(mainDir, subDir))

dir.create()no se bloquea si el directorio ya existe, solo imprime una advertencia. Entonces, si puede vivir viendo advertencias, no hay problema con solo hacer esto:

dir.create(file.path(mainDir, subDir))
setwd(file.path(mainDir, subDir))

A partir del 16 de abril de 2015, con el lanzamiento de R 3.2.0hay una nueva función llamada dir.exists(). Para usar esta función y crear el directorio si no existe, puede usar:

ifelse(!dir.exists(file.path(mainDir, subDir)), dir.create(file.path(mainDir, subDir)), FALSE)

Esto devolverá FALSEsi el directorio ya existe o no es creíble, y TRUEsi no existía pero se creó con éxito.

Tenga en cuenta que para verificar simplemente si el directorio existe, puede usar

dir.exists(file.path(mainDir, subDir))

En términos de arquitectura general, recomendaría la siguiente estructura con respecto a la creación de directorios. Esto cubrirá la mayoría de los problemas potenciales y la dir.createllamada detectará cualquier otro problema con la creación del directorio .

mainDir <- "~"
subDir <- "outputDirectory"

if (file.exists(paste(mainDir, subDir, "/", sep = "/", collapse = "/"))) {
    cat("subDir exists in mainDir and is a directory")
} else if (file.exists(paste(mainDir, subDir, sep = "/", collapse = "/"))) {
    cat("subDir exists in mainDir but is a file")
    # you will probably want to handle this separately
} else {
    cat("subDir does not exist in mainDir - creating")
    dir.create(file.path(mainDir, subDir))
}

if (file.exists(paste(mainDir, subDir, "/", sep = "/", collapse = "/"))) {
    # By this point, the directory either existed or has been successfully created
    setwd(file.path(mainDir, subDir))
} else {
    cat("subDir does not exist")
    # Handle this error as appropriate
}

También tenga en cuenta que si ~/foono existe, la llamada a dir.create('~/foo/bar')fallará a menos que usted especifique recursive = TRUE.

Aquí está la verificación simple , y crea el directorio si no existe:

## Provide the dir name(i.e sub dir) that you want to create under main dir:
output_dir <- file.path(main_dir, sub_dir)

if (!dir.exists(output_dir)){
dir.create(output_dir)
} else {
    print("Dir already exists!")
}

El uso de file.exists () para probar la existencia del directorio es un problema en la publicación original. Si subDir incluye el nombre de un archivo existente (en lugar de solo una ruta), file.exists () devolvería VERDADERO, pero la llamada a setwd () fallaría porque no puede configurar el directorio de trabajo para que apunte a un archivo.

Recomendaría el uso de file_test (op = "- d", subDir), que devolverá "TRUE" si subDir es un directorio existente, pero FALSO si subDir es un archivo existente o un archivo o directorio inexistente. Del mismo modo, la comprobación de un archivo se puede lograr con op = "- f".

Además, como se describe en otro comentario, el directorio de trabajo es parte del entorno R y debe ser controlado por el usuario, no por un script. Los scripts deberían, idealmente, no cambiar el entorno R. Para solucionar este problema, podría usar options () para almacenar un directorio disponible globalmente donde quisiera toda mi salida.

Entonces, considere la siguiente solución, donde someUniqueTag es solo un prefijo definido por el programador para el nombre de la opción, lo que hace improbable que ya exista una opción con el mismo nombre. (Por ejemplo, si estaba desarrollando un paquete llamado "filer", podría usar filer.mainDir y filer.subDir).

El siguiente código se usaría para establecer opciones que están disponibles para su uso posterior en otros scripts (evitando así el uso de setwd () en un script), y para crear la carpeta si es necesario:

mainDir = "c:/path/to/main/dir"
subDir = "outputDirectory"

options(someUniqueTag.mainDir = mainDir)
options(someUniqueTag.subDir = "subDir")

if (!file_test("-d", file.path(mainDir, subDir)){
  if(file_test("-f", file.path(mainDir, subDir)) {
    stop("Path can't be created because a file with that name already exists.")
  } else {
    dir.create(file.path(mainDir, subDir))
  }
}

Luego, en cualquier script posterior que necesite manipular un archivo en subDir, puede usar algo como:

mainDir = getOption(someUniqueTag.mainDir)
subDir = getOption(someUniqueTag.subDir)
filename = "fileToBeCreated.txt"
file.create(file.path(mainDir, subDir, filename))

Esta solución deja el directorio de trabajo bajo el control del usuario.

Tuve un problema con R 2.15.3 por el cual al intentar crear una estructura de árbol de forma recursiva en una unidad de red compartida recibía un error de permiso.

Para evitar esta rareza, creo manualmente la estructura;

mkdirs <- function(fp) {
    if(!file.exists(fp)) {
        mkdirs(dirname(fp))
        dir.create(fp)
    }
} 

mkdirs("H:/foo/bar")

Un trazador de líneas:

if (!dir.exists(output_dir)) {dir.create(output_dir)}

Ejemplo:

dateDIR <- as.character(Sys.Date())
outputDIR <- file.path(outD, dateDIR)
if (!dir.exists(outputDIR)) {dir.create(outputDIR)}

Para averiguar si una ruta es un directorio válido, intente:

file.info(cacheDir)[1,"isdir"]

file.info no le importa una barra al final.

file.existsen Windows fallará para un directorio si termina en una barra diagonal y tiene éxito sin él. Por lo tanto, esto no se puede usar para determinar si una ruta es un directorio.

file.exists("R:/data/CCAM/CCAMC160b_echam5_A2-ct-uf.-5t05N.190to240E_level1000/cache/")
[1] FALSE

file.exists("R:/data/CCAM/CCAMC160b_echam5_A2-ct-uf.-5t05N.190to240E_level1000/cache")
[1] TRUE

file.info(cacheDir)["isdir"]