Sé que esta es una publicación antigua, pero me encontré con el mismo problema al usar Xcode 8.2. Ya había duplicado archivos .plist y .storyboard en Finder, pero mi proyecto Xcode no los recogió. Para agregar archivos a su xcodeproj, simplemente haga clic derecho en el proyecto o carpeta en el Navegador de proyectos y seleccione Agregar archivos a "Su nombre de proyecto". Debería poder seleccionar los archivos que necesita (use la tecla Cmd para seleccionar varios archivos individuales).
Si creó un nuevo archivo .plist o .storyboard, deberá vincularlo a su membresía de destino. Para vincular, simplemente haga clic en el archivo en el navegador y en el lado derecho en su editor estándar> inspector de archivos> membresía de destino seleccione la membresía de destino adecuada.
La forma correcta de hacer esto sin duplicar archivos en el buscador es seleccionando el archivo a duplicar y luego yendo a Archivo> Duplicar en el menú de navegación de Xcode.