Probablemente AES. Blowfish fue el predecesor directo de Twofish. Twofish fue la entrada de Bruce Schneier en la competencia que produjo AES. Fue juzgado como inferior a una entrada llamada Rijndael, que fue lo que se convirtió en AES.
Interesante aparte: en un momento de la competencia, se les pidió a todos los participantes que dieran su opinión sobre cómo se clasificaban los cifrados. Probablemente no sea una sorpresa que cada equipo eligiera su propia entrada como la mejor, pero todos los demás equipos eligieron a Rijndael como el segundo mejor.
Dicho esto, existen algunas diferencias básicas en los objetivos básicos de Blowfish frente a AES que pueden (posiblemente) favorecer a Blowfish en términos de seguridad absoluta. En particular, Blowfish intenta dificultar un ataque de fuerza bruta (agotamiento de la clave) haciendo que la configuración inicial de la clave sea una operación bastante lenta. Para un usuario normal, esto tiene pocas consecuencias (todavía es menos de un milisegundo) pero si está probando millones de claves por segundo para romperlo, la diferencia es bastante sustancial.
Sin embargo, al final, no veo eso como una gran ventaja. Generalmente recomiendo AES. Mis próximas opciones probablemente serían Serpent, MARS y Twofish en ese orden. Blowfish vendría en algún lugar después de esos (aunque hay un par de otros que probablemente recomendaría antes de Blowfish).