Enfrenté el mismo problema y mi código no tenía ninguno de los problemas mencionados en otras respuestas (marcos que usan los mismos identificadores de paquete, sistema heredado, etc.).
Mi solución fue instalar la aplicación primero como carga lateral y luego ejecutar la aplicación de forma normal (Cmd + R).
Primero, haga un IPA de su proyecto (hay muchas formas de hacer esto, lo hice comprimiendo la carpeta llamada Payload con el archivo de la aplicación. Puede elegir otras formas, todo lo que necesita es un archivo IPA).
A continuación, abra dispositivos y simuladores (Cmd + Shift + 2) en Xcode.
Ahora haga clic en el pequeño botón más (+) en la sección APLICACIONES INSTALADAS, y se le pedirá que seleccione el IPA. Seleccione su IPA y se instalará en el dispositivo.
Ahora que existe una aplicación de un identificador de paquete dado en el dispositivo, su comando de ejecución funcionaría como se esperaba.
Simplemente presione Cmd + R y su proyecto se ejecutará en el dispositivo.