No estoy seguro si la gente lo sabe, pero anidar archivos como este aparentemente rompe la capacidad de VS para cambiar el nombre del archivo raíz, al menos cuando su nuevo archivo anidado también es una clase parcial. Por ejemplo, aquí está el árbol que creamos ...
MainWindow.xaml
MainWindow.xaml.cs
MainWindow.Commands.cs
MainWindow.Commands.cs es solo otra clase parcial de MainWindow, igual que MainWindow.xaml.cs. Sin embargo, si intenta cambiar el nombre de MainWindow.xaml, en lugar de cambiar automáticamente el nombre de los archivos dependientes, arroja una excepción.
Para completar, también intenté nombrar el archivo, MainWindow.xaml.Commands.cspero tampoco funcionó.
Sin el archivo de 'comandos' adicional, el cambio de nombre funciona bien, por supuesto.
MainWindow.xaml
MainWindow.xaml.cs
De todos modos, esta fue razón suficiente para que abandonáramos archivos de anidamiento como este. Sin la capacidad de cambiar el nombre, simplemente no vale la pena.
.csarchivos en un proyecto .NET Core.