Tuve exactamente el mismo problema con el último Android Studio 2.3.2 y Instant Run.
Aquí lo que hice: (Le daré dos formas de lograr que una deshabilite para el proyecto específico, y la segunda para todo el estudio de Android):
- si desea deshabilitar la ejecución instantánea SOLO para el proyecto que no es compatible (es decir, el que tiene SugarORM lib)
en la raíz de su proyecto abra gradle -> gradle-wrapper.properties luego cambie el valor
distributionUrl=https\://services.gradle.org/distributions/gradle-2.14.1-all.zip
y en su proyecto build.gradle cambie el valor
classpath 'com.android.tools.build:gradle:2.2.3'

- Si desea deshabilitar la ejecución instantánea para todos los proyectos (en Android Studio)
en la versión anterior de la configuración de AS para la ejecución instantánea es
File -> Other Settings -> Default Settings ->Build,Execution,Deployment
Sin embargo,
en la versión más reciente de Android Studio, es decir , 2.3.2 , la configuración de ejecución instantánea es:
- para Android Studio instalado en dispositivos Apple -> Preferencias ... (ver imagen siguiente)
- para Android Studio instalado en Linux o Windows -> en Archivo-> Configuración ...


Editado: si por algún motivo la configuración de ejecución instantánea está atenuada, haga lo siguiente:
Help-> Find Action...

y luego escriba 'enable isntant run' y haga clic (ahora debería poder cambiar el valor en Preferencias ... o archivo-> Configuración ..., si ese fuera el caso, este es un error de Android Studio :-)

build.gradle
.