Al instalar rJava usando el install.packages("rJava")comando, obtengo el siguiente error:

checking Java support in R... present:
interpreter : '/usr/bin/java'
archiver    : '/usr/bin/jar'
compiler    : '/usr/bin/javac'
header prep.: '/usr/bin/javah'
cpp flags   : '-I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../include -I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../include/linux'
java libs   : '-L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/lib/amd64/server -L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/lib/amd64 -L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../lib/amd64 -L -L/usr/java/packages/lib/amd64 -L/usr/lib64 -L/lib64 -L/lib -L/usr/lib -ljvm'
checking whether JNI programs can be compiled... yes
checking JNI data types... configure: error: One or more JNI types differ from the corresponding native type. You may need to use non-standard compiler flags or a different compiler in order to fix this.
ERROR: configuration failed for package ‘rJava’

Tengo el Java JDK instalado y java -versiondevuelve lo siguiente:

$ java -version
java version "1.6.0_20"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.6.0_20-b02)

Cuando busco en Google el error, veo que otros están teniendo el mismo problema pero no encuentran una solución que no sea "instalar todo el JDK, no solo el JRE", lo que hice.

La otra cosa que leí fue ejecutar, sudo R CMD javareconfque se ejecuta bastante felizmente sin errores.

¿Alguna idea de cuál es mi problema?

[[EDITAR]] Han pasado unos meses desde que tuve este problema. Inicialmente resolví esto editando mis rutas de Java, como se ilustra en la respuesta que publiqué a continuación. Recientemente me encontré con el mismo problema en una nueva instalación de Ubuntu. Probé la recomendación de Dirk de usar apt-get para instalar el paquete rJava. Funcionó perfectamente. Lo que no pude apreciar inicialmente es que instalar paquetes usando el método apt-get de Ubuntu es fundamentalmente diferente a simplemente cargar el mismo paquete usando install.packages () dentro de R. Los paquetes de Ubuntu resuelven algunos problemas que no me di cuenta ni aprecié .

No quisiera

apt-get install r-cran-rjava

ha sido más fácil? ¡Podrías haberme preguntado en useR! :)

Resulta que mi problema fue un problema con mi JAVA_HOMEvariable de entorno. Sí, impactante, lo sé. Mi configuración inicial para PATHy se JAVA_HOMEveía así:

export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-6-sun
export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin

Y agregué /jrepara que ahora se vea así:

export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-6-sun/jre
export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin

Todo en Java parecía funcionar bien sin el /jrepero rJava no lo haría. Impar.

Gracias, su sugerencia acerca de $JAVA_HOMEllevarme a una solución similar:

prompt$ unset JAVA_HOME

antes de invocar R.

Me encontré con el mismo problema y funcionó después de ejecutar los comandos a continuación.

export JAVA_LIBS="$JAVA_LIBS -ldl"
R CMD javareconf

Consulte los detalles en http://www-01.ibm.com/support/knowledgecenter/SSPT3X_3.0.0/com.ibm.swg.im.infosphere.biginsights.install.doc/doc/install_install_r.html

Así es como lo hago funcionar:

En Linux (Ubuntu 16.04)

sudo apt-get install default-jre
sudo apt-get install default-jdk
sudo R CMD javareconf

en R:

install.packages("rJava")

Esto funcionó para mí en Ubuntu 12.04 y R versión 3.0

cd /usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.26/include

este es el directorio que tiene jni.h

A continuación, cree un enlace suave a otro archivo de encabezado requerido (soy demasiado vago para averiguar cómo incluir más de un directorio en la opción JAVA_CPPFLAGS a continuación):

sudo ln -s linux/jni_md.h .

Finalmente

sudo R CMD javareconf JAVA_CPPFLAGS=-I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.26/include

A continuación se muestra una de mis respuestas en otra publicación: error: no se pueden cargar los paquetes instalados en
este momento (esto también es relevante para esta pregunta)

Para usuarios de Linux (Ubuntu): si tiene instalado oracle-java (7/8) . Estará en esta ubicación /usr/lib/jvmy sudose requiere acceso.

Cree el archivo /etc/ld.so.conf.d/java.confcon las siguientes entradas:

/usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre/lib/amd64
/usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre/lib/amd64/server

(Reemplace java-8-oracle con java-7-oracle dependiendo de su versión de java)

Luego:

sudo ldconfig

Reinicie RStudio y luego instale el paquete rJava.

Ejecutando R bajo Gentoo en un AMD64. Actualicé a R 2.12.0

R versión 2.12.0 (2010-10-15) Copyright (C) 2010 The R Foundation for Statistical Computing ISBN 3-900051-07-0 Plataforma: x86_64-pc-linux-gnu (64 bits) y esos molestos mensajes fueron lejos.

Jan Vandermeer

Intenté instalar openjdk-7- * pero todavía tenía problemas para instalar rJava. Resulta que después de reiniciar mi computadora, no hubo ningún problema.

entonces

sudo apt-get install openjdk-7-*


RESTART after installing java, then try to install package "rJava" in R

El paquete rJava busca la /usr/lib/jvm/default-java/carpeta. Pero no está disponible de forma predeterminada. Esta carpeta tiene un enlace simbólico para el java predeterminado configurado para el sistema.

Para activar el java predeterminado, instale los siguientes paquetes:

sudo apt-get install default-jre default-jre-headless

Probado en ubuntu 17.04 con CRAN R 3.4.1

Lo que funcionó para mí fue cambiar JAVA_HOME del archivo /usr/lib/R/etc/javaconf

Registramos por primera vez lo que era mi versión de Java habilitado: sudo update-alternatives --config java. En mi caso fuejava-8-oracle

Abrí el archivo /usr/lib/R/etc/javaconfy lo reemplacé default-javapor java-8-oracle:

${JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/default-java}

reemplazado por :

${JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-8-oracle}

Y entonces sudo R CMD javareconf

Reinicié RStudio y luego pude instalar rJava.

lo que hago es aqui:

1. en /etc/apt/sources.list, agregue:

   deb http://ftp.de.debian.org/debian sid main

Nota: rjava debe ser la última versión

2 ejecutar: sudo apt-get update sudo apt-get install r-cran-rjava

Una vez que actualice la versión anterior de rjava, puede instalar rhdfs_1.0.8.

Lo hice funcionar descargando: https://cran.r-project.org/src/contrib/rJava_0.9-8.tar.gz y ejecutando el comando R CMD install rJava_0.9-8.tar.gz

Estaba enfrentando el mismo problema mientras usaba Windows 10. He resuelto el problema usando el siguiente procedimiento

1. Descargue Java desde https://java.com/en/download/windows-64bit.jsp para Windows de 64 bits \ Instálelo
2. Descargue el kit de desarrollo de Java desde https://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/jdk8-downloads-2133151.html para Windows de 64 bits \ Instálelo
3. Luego haga clic con el botón derecho en el icono "Esta PC" en el escritorio \ Propiedades \ Configuración avanzada del sistema \ Avanzado \ Variables de entorno \ En Variables del sistema seleccione Ruta \ Haga clic en Editar \ Haga clic en Nuevo \ Copiar y pegar rutas "C: \ Archivos de programa \ Java \ jdk1 .8.0_201 \ bin ”y“ C: \ Archivos de programa \ Java \ jre1.8.0_201 \ bin ”(sin comillas) \ OK \ OK \ OK

Nota : jdk1.8.0_201 y jre1.8.0_201 se cambiarán según la versión del kit de desarrollo de Java y Java

4. En la ventana Variables de entorno, vaya a Variables de usuario para Usuario \ Haga clic en Nuevo \ Ponga el nombre de la variable como "JAVA_HOME" y el valor de la variable como "C: \ Archivos de programa \ Java \ jdk1.8.0_201 \ bin" \ Presione Aceptar

Para verificar la instalación, abra CMD \ Escriba javac \ Presione Enter y escriba java \ presione enter Se mostrará

En RStudio ejecutar

Sys.setenv(JAVA_HOME="C:\\Program Files\\Java\\jdk1.8.0_201")

Nota : jdk1.8.0_201 cambiará según la versión del kit de desarrollo de Java

Ahora puede instalar y cargar el paquete rJava sin ningún problema.

El problema era que rJava no se instalaba en RStudio( Version 1.0.136). Lo siguiente funcionó para mí ( macOS Sierra version 10.12.6) (encontrado aquí ):

Paso 1: descargue e instale javaforosx.dmgdesde aquí

Paso 2: A continuación, ejecute el comando desde dentro de RStudio:

install.packages("rJava", type = 'source')

Encontré un problema similar en Ubuntu 16.04 y pude resolverlo creando una carpeta llamada "default-java" /usr/lib/jvmy copiando en ella todo el contenido del archivo /usr/lib/jvm/java-8-oracle. Opté por esta solución ya que corregir la variable de entorno JAVA_HOME resultó ser inútil.